根據(jù)《中華人民共和國(guó)公司法》（中華人民共和國(guó)主席令第42號(hào)）第十四條規(guī)定：“公司可以設(shè)立分公司。設(shè)立分公司，應(yīng)當(dāng)向公司登記機(jī)關(guān)申請(qǐng)登記，領(lǐng)取營(yíng)業(yè)執(zhí)照。分公司不具有法人資格，其民事責(zé)任由公司承擔(dān)?！?/span>
“公司可以設(shè)立子公司，子公司具有法人資格，依法獨(dú)立承擔(dān)民事責(zé)任?！?/span>
由此可見(jiàn)，在主體法律地位上它們是完全不同的：
1、子公司在法律上是一個(gè)獨(dú)立的法人，依法獨(dú)立承擔(dān)民事責(zé)任，即：以自己的名義進(jìn)行各類(lèi)民事經(jīng)濟(jì)活動(dòng);獨(dú)立承擔(dān)公司行為所帶來(lái)的一切后果與責(zé)任。
2、分公司在法律上不是一個(gè)獨(dú)立的法人，不具有獨(dú)立承擔(dān)民事責(zé)任的資格，也就是說(shuō)它在法律上是從屬于總公司的一個(gè)分支機(jī)構(gòu)，不是獨(dú)立的個(gè)體。
二、在關(guān)聯(lián)關(guān)系上的區(qū)別
1、子公司：
母公司與子公司之間一般表現(xiàn)的是股份的控制與被控制關(guān)系，也許是全資控制，也許是最大股東的控制。子公司在經(jīng)濟(jì)和決策上受母公司的支配與控制，但在法律上，子公司是獨(dú)立的法人。
子公司擁有獨(dú)立的名稱(chēng)和公司章程;具有獨(dú)立的組織機(jī)構(gòu);擁有獨(dú)立的財(cái)產(chǎn)。
子公司實(shí)行獨(dú)立核算、自負(fù)盈虧。
2、分公司：
總公司與分公司之間一般表現(xiàn)為是總機(jī)構(gòu)與分機(jī)構(gòu)的關(guān)系，具有從屬的特性。分公司在本質(zhì)上就是總公司的一個(gè)安置在異地的派出機(jī)構(gòu)。
分公司一般都不是完全獨(dú)立核算單位，盈虧只是一種業(yè)績(jī)考核。
子公司可以成立分公司，但分公司不可能擁有子公司。
三、在稅務(wù)處理上的區(qū)別
（一）子公司的處理
子公司是作為獨(dú)立法人，實(shí)行獨(dú)立核算并獨(dú)立申報(bào)納稅，是完全獨(dú)立的納稅人，承擔(dān)全面的納稅義務(wù)。
（二）分公司的處理
分公司作為分支機(jī)構(gòu)的一種，適用總分機(jī)構(gòu)的相關(guān)政策。
總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)應(yīng)依法辦理稅務(wù)登記，接受所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)的監(jiān)督和管理。
1、企業(yè)所得稅方面
（1）根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法〉的公告》(國(guó)家稅務(wù)總局公告2012年第57號(hào))（以下簡(jiǎn)稱(chēng)“稅總2012年57號(hào)公告”）規(guī)定，居民企業(yè)在中國(guó)境內(nèi)跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計(jì)劃單列市，下同）設(shè)立不具有法人資格分支機(jī)構(gòu)的，該居民企業(yè)為跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)（以下簡(jiǎn)稱(chēng)匯總納稅企業(yè)）。 匯總納稅企業(yè)實(shí)行“統(tǒng)一計(jì)算、分級(jí)管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財(cái)政調(diào)庫(kù)”的企業(yè)所得稅征收管理辦法。
匯總納稅企業(yè)按照《企業(yè)所得稅法》規(guī)定匯總計(jì)算的企業(yè)所得稅，包括預(yù)繳稅款和匯算清繳應(yīng)繳應(yīng)退稅款，50%在各分支機(jī)構(gòu)間分?jǐn)?，各分支機(jī)構(gòu)根據(jù)分?jǐn)偠惪罹偷剞k理繳庫(kù)或退庫(kù)；50%由總機(jī)構(gòu)分?jǐn)偫U納，其中25%就地辦理繳庫(kù)或退庫(kù)，25%就地全額繳入中央國(guó)庫(kù)或退庫(kù)。
（2）對(duì)于以總機(jī)構(gòu)名義進(jìn)行生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)的非法人分支機(jī)構(gòu)，無(wú)法提供匯總納稅企業(yè)分支機(jī)構(gòu)所得稅分配表，也無(wú)法提供“稅總2012年57號(hào)公告”第二十三條規(guī)定的相關(guān)證據(jù)證明其二級(jí)及以下分支機(jī)構(gòu)身份的，應(yīng)視同獨(dú)立納稅人計(jì)算并就地繳納企業(yè)所得稅。
（3）根據(jù)《浙江省國(guó)家稅務(wù)局浙江省地方稅務(wù)局關(guān)于省內(nèi)跨市、縣經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征管問(wèn)題的公告》（浙江省國(guó)家稅務(wù)局浙江省地方稅務(wù)局公告2013年第3號(hào)）規(guī)定，浙江省內(nèi)匯總納稅企業(yè)所得稅計(jì)算、預(yù)繳、匯算清繳管理參照“稅總2012年57號(hào)公告”執(zhí)行。
因此，對(duì)于分公司的企業(yè)所得稅管理：符合規(guī)定條件的匯總納稅的分公司，實(shí)行“就地預(yù)繳、匯總清算”；無(wú)法提供匯總納稅企業(yè)分支機(jī)構(gòu)所得稅分配表，又無(wú)法證明分支機(jī)構(gòu)的，按照獨(dú)立納稅人就地繳納企業(yè)所得稅；分公司實(shí)行獨(dú)立核算、不匯總納稅的，按照獨(dú)立納稅人就地繳納企業(yè)所得稅。
對(duì)于列名企業(yè)的下屬二級(jí)分支機(jī)構(gòu)均應(yīng)按照企業(yè)所得稅的有關(guān)規(guī)定向當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機(jī)關(guān)報(bào)送企業(yè)所得稅預(yù)繳申報(bào)表或其他相關(guān)資料，但其稅款由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一匯總計(jì)算后向總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)繳納。如：《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于中國(guó)工商銀行股份有限公司等企業(yè)企業(yè)所得稅有關(guān)征管問(wèn)題的通知》（國(guó)稅函[2010]184號(hào)）的列名企業(yè)。
2、增值稅方面
1、分公司（屬于分支機(jī)構(gòu)的組成部分，為便于與文件對(duì)接，以下統(tǒng)稱(chēng)分支機(jī)構(gòu)）銷(xiāo)售貨物、提供加工修理修配勞務(wù)的增值稅的納稅地點(diǎn)
根據(jù)《中華人民共和國(guó)增值稅暫行條例》第二十二條規(guī)定，固定業(yè)戶應(yīng)當(dāng)向其機(jī)構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)納稅?？倷C(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)不在同一縣（市）的，應(yīng)當(dāng)分別向各自所在地的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)納稅。因此，分支機(jī)構(gòu)的增值稅一般情況下就地申報(bào)納稅。
但是，該條同時(shí)規(guī)定，經(jīng)國(guó)務(wù)院財(cái)政、稅務(wù)主管部門(mén)或者其授權(quán)的財(cái)政、稅務(wù)機(jī)關(guān)批準(zhǔn)，可以由總機(jī)構(gòu)匯總向總機(jī)構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)納稅。
《財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于固定業(yè)戶總分支機(jī)構(gòu)增值稅匯總納稅有關(guān)政策的通知》（財(cái)稅[2012]9號(hào)）對(duì)上述規(guī)定進(jìn)一步明確：固定業(yè)戶的總分支機(jī)構(gòu)不在同一縣（市），但在同一?。▍^(qū)、市）范圍內(nèi)的，經(jīng)?。▍^(qū)、市）財(cái)政廳（局）、國(guó)家稅務(wù)局審批同意，可以由總機(jī)構(gòu)匯總向總機(jī)構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)繳納增值稅。?。▍^(qū)、市）財(cái)政廳（局）、國(guó)家稅務(wù)局應(yīng)將審批同意的結(jié)果，上報(bào)財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局備案。
在實(shí)際工作中，增值稅由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一匯總核算、統(tǒng)一申報(bào)繳納的主要是連鎖經(jīng)營(yíng)企業(yè)。如：《浙江省國(guó)家稅務(wù)局關(guān)于連鎖經(jīng)營(yíng)企業(yè)增值稅匯總納稅有關(guān)問(wèn)題的通知》（浙國(guó)稅流[2005]76號(hào)）第三條規(guī)定，“經(jīng)批準(zhǔn)匯總繳納增值稅的連鎖經(jīng)營(yíng)企業(yè)總店應(yīng)按統(tǒng)一核算的當(dāng)月應(yīng)繳增值稅總額向所在地主管?chē)?guó)稅機(jī)關(guān)申報(bào)納稅，即總店應(yīng)納增值稅=所有總、門(mén)店銷(xiāo)項(xiàng)稅額-所有總、門(mén)店進(jìn)項(xiàng)稅額；門(mén)店應(yīng)納增值稅為零?！币虼耍鲋刀悈R總繳納需要總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一核算，分支機(jī)構(gòu)獨(dú)立核算的不能匯總繳納。
（2）統(tǒng)一核算的總分機(jī)構(gòu)之間的貨物移送作視同銷(xiāo)售的特殊規(guī)定
先將相關(guān)規(guī)定歸集：
①《增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》第4條視同銷(xiāo)售貨物行為的第（3）項(xiàng)：設(shè)有兩個(gè)以上機(jī)構(gòu)并實(shí)行統(tǒng)一核算的納稅人，將貨物從一個(gè)機(jī)構(gòu)移送其他機(jī)構(gòu)用于銷(xiāo)售，但相關(guān)機(jī)構(gòu)設(shè)在同一縣（市）的除外。
②《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所屬機(jī)構(gòu)間移送貨物征收增值稅問(wèn)題的通知》（國(guó)稅發(fā)[1998]137號(hào)）規(guī)定，《實(shí)施細(xì)則》第4條視同銷(xiāo)售貨物行為的第（3）項(xiàng)所稱(chēng)的用于銷(xiāo)售，是指受貨機(jī)構(gòu)發(fā)生以下情形之一的經(jīng)營(yíng)行為：向購(gòu)貨方開(kāi)具發(fā)票；向購(gòu)貨方收取貨款。受貨機(jī)構(gòu)的貨物移送行為有上述兩項(xiàng)情形之一的，應(yīng)當(dāng)向所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)繳納增值稅；未發(fā)生上述兩項(xiàng)情形的，則應(yīng)由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一繳納增值稅。如果受貨機(jī)構(gòu)只就部分貨物向購(gòu)買(mǎi)方開(kāi)具發(fā)票或收取貨款，則應(yīng)當(dāng)區(qū)別不同情況計(jì)算并分別向總機(jī)構(gòu)所在地或分支機(jī)構(gòu)所在地繳納稅款。
③《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于納稅人以資金結(jié)算網(wǎng)絡(luò)方式收取貨款增值稅納稅地點(diǎn)問(wèn)題的通知》（國(guó)稅函[2002]802號(hào)）規(guī)定，納稅人以總機(jī)構(gòu)的名義在各地開(kāi)立賬戶，通過(guò)資金結(jié)算網(wǎng)絡(luò)在各地向購(gòu)貨方收取銷(xiāo)貨款，由總機(jī)構(gòu)直接向購(gòu)貨方開(kāi)具發(fā)票的行為，不具備《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所屬機(jī)構(gòu)間移送貨物征收增值稅問(wèn)題的通知》（國(guó)稅發(fā)[1998]137號(hào)）規(guī)定的受貨機(jī)構(gòu)向購(gòu)貨方開(kāi)具發(fā)票、向購(gòu)貨方收取貨款兩種情形之一，其取得的應(yīng)稅收入應(yīng)當(dāng)在總機(jī)構(gòu)所在地繳納增值稅。
一開(kāi)始看實(shí)行統(tǒng)一核算納稅人的機(jī)構(gòu)之間貨物移送視同銷(xiāo)售處理上述三個(gè)文件很難理解，感覺(jué)好饒口舌，慢慢思考后悟出了道道：
實(shí)行統(tǒng)一核算納稅人的總分機(jī)構(gòu)之間，總機(jī)構(gòu)將貨物移送到分支機(jī)構(gòu)，如果分支機(jī)構(gòu)將移送到的貨物對(duì)外銷(xiāo)售時(shí)使用分支機(jī)構(gòu)當(dāng)?shù)氐陌l(fā)票向購(gòu)貨方開(kāi)具發(fā)票或者向購(gòu)貨方收取貨款，只要滿足這兩個(gè)條件之一的，這部分貨物銷(xiāo)售的增值稅需要在分支機(jī)構(gòu)所在地繳納稅款。總機(jī)構(gòu)在貨物移送時(shí)就需要視同銷(xiāo)售，開(kāi)具專(zhuān)用發(fā)票給分支機(jī)構(gòu)抵扣。但如果總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一收款、統(tǒng)一開(kāi)票，這部分貨物銷(xiāo)售應(yīng)當(dāng)在總機(jī)構(gòu)所在地繳納增值稅。
（3）營(yíng)改增（即應(yīng)稅服務(wù)）納稅人總機(jī)構(gòu)匯總繳納增值稅規(guī)定
根據(jù)《財(cái)政部 國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于重新印發(fā)〈總分機(jī)構(gòu)試點(diǎn)納稅人增值稅計(jì)算繳納暫行辦法〉的通知》（財(cái)稅[2013]74號(hào)）規(guī)定，經(jīng)財(cái)政部和國(guó)家稅務(wù)總局批準(zhǔn)的總機(jī)構(gòu)試點(diǎn)納稅人及其分支機(jī)構(gòu)，可以按該辦法匯總計(jì)算申報(bào)繳納增值稅。
營(yíng)改增納稅人總、分支機(jī)構(gòu)匯總申報(bào)繳納增值稅時(shí)，僅對(duì)應(yīng)稅服務(wù)項(xiàng)目進(jìn)行匯總，總、分支機(jī)構(gòu)銷(xiāo)售貨物、提供加工修理修配勞務(wù)，按照增值稅暫行條例及相關(guān)規(guī)定就地申報(bào)繳納增值稅。
總機(jī)構(gòu)將總分機(jī)構(gòu)應(yīng)稅服務(wù)業(yè)務(wù)的應(yīng)交增值稅進(jìn)行匯總,抵減各分支機(jī)構(gòu)對(duì)應(yīng)應(yīng)稅服務(wù)業(yè)務(wù)已繳納的增值稅稅款后，在總機(jī)構(gòu)所在地申報(bào)繳納增值稅。
各分支機(jī)構(gòu)發(fā)生應(yīng)稅服務(wù)業(yè)務(wù)，按照應(yīng)征增值稅銷(xiāo)售額和預(yù)征率計(jì)算繳納增值稅。計(jì)算公式如下：
應(yīng)預(yù)繳的增值稅＝應(yīng)征增值稅銷(xiāo)售額×預(yù)征率
預(yù)征率由財(cái)政部和國(guó)家稅務(wù)總局規(guī)定，并適時(shí)予以調(diào)整。
總之，子公司是獨(dú)立的納稅人，完整的納稅主體。分公司是從屬于總公司的，一般情況下，在增值稅上按照屬地原則作為獨(dú)立納稅人就地獨(dú)立申報(bào)納稅，但經(jīng)審核確認(rèn)，符合條件的也可以匯總繳納，其中營(yíng)改增應(yīng)稅服務(wù)部分需要按預(yù)征率預(yù)繳；在所得稅上，獨(dú)立核算的作為獨(dú)立納稅人就地獨(dú)立申報(bào)納稅，統(tǒng)一核算的實(shí)行“統(tǒng)一計(jì)算、分級(jí)管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財(cái)政調(diào)庫(kù)”的企業(yè)所得稅征收管理辦法。
